A Iquitos se puede llegar por vía aérea, con vuelos desde Lima y otras provincias peruanas y por vía fluvial se llega desde varios destinos nacionales y extranjeros. Los principales puertos fluviales desde donde parten embarcaciones a Iquitos son Pucallpa (río Ucayali), Yurimaguas (río Huallaga) y Santa Rosa, ubicado cerca de la frontera con Colombia, desde donde se puede acceder a Leticia.

Iquitos sólo posee una carretera que la une a la pequeña ciudad de Nauta. No está interconectada por vía terrestre con el resto del Perú por la abrupta geografía del país, siendo posiblemente la única ciudad grande en no tener conexiones terrestres a otros lugares. Debido a este aislamiento geográfico, Iquitos está rodeado por bosques que conservan aún características propias del ecosistema Amazónico, parte de estos ecosistemas se pueden apreciar en la Reserva Nacional Allpahuayo – Mishana, muy cerca de la ciudad.

Por su posición aislada sin conexión de carretera muchos bienes tienen que ser transportados por avión o por barco y los precios generalmente son más altos que normal.